De bovenvacht van een Schotse Terriër is hard, ruw, dicht en ligt vlak of is licht golvend. De ondervacht over het hele lichaam is kort, dicht en zacht, vergelijkbaar met de textuur van een konijnenvacht. Deze dichte ondervacht biedt samen met de bovenvacht bescherming tegen verschillende weersomstandigheden.
Een regelmatige borstelbeurt van één à twee keer per week is voldoende om de vacht vrij van klitten te houden. Bij een pup is het aan te raden om vaker en korter te borstelen, zodat hij kan wennen aan het verzorgingsritueel. Om ervoor te zorgen dat de Schotse Terriër er het hele jaar door verzorgd uitziet, is het aan te raden om hem ongeveer vier keer per jaar te laten trimmen.
Gezondheid
De Schotse Terriër is een ras dat te maken kan krijgen met verschillende gezondheidsproblemen. Net als veel andere kleine rassen komt patella luxatie regelmatig voor. Dit is een aandoening waarbij de knieschijf uit de kom schiet. Daarnaast wordt cataract (staar) veel gezien bij dit ras.
Bij de geboorte van Schotse Terriër pups kan er sprake zijn van dystocia, wat betekent dat de pups niet op een natuurlijke manier geboren kunnen worden. Dit kan leiden tot problemen voor zowel de pups als de moederhond. Een andere aandoening die zich kan voordoen bij Schotse Terriërs is de neurologische aandoening genaamd 'Scotty cramp'. Hierbij verkrampt de hond plotseling bij opwinding of inspanning.
Voor de Schotse Terrier is een een DNA-test beschikbaar voor de Von Willebrands ziekte. Dit is een erfelijke aandoening die wordt veroorzaakt door een tekort aan een bepaald eiwit (factor VIII) dat nodig is voor een normale bloedstolling. Hierdoor kan er overmatig bloeden optreden bij verwondingen of operaties, en soms zelfs spontaan bloeden.